(1)减免税证明

     根据国务院颁发的《鼓励软件产业和集成电路产业发展的若干政策》的有关规定，企业可申请双软认证享受企业所得税两免三减半、增值税退14%的税收政策。

(2)发生软件著作权争议时，作为举证的有效依据

      软件著作权即软件开发完成之日起就自动产生，登记并不是权利产生的必要条件。但在发生软件著作权争议时，《软件著作权登记证书》是主张软件权利的有力武器，同时是向人民法院提起诉讼，请求司法保护的前提。如果不经登记，著作权人很难举证说明软件完成的时间以及所有人。

(3)作为技术出资入股

    《关于以高新技术成果出资入股若干问题的规定》规定：“计算机软件可以作为高新技术出资入股，而且作价的比例可以突破公司法20%的限制达到35%”。甚至有的地方政府规定：“可以100%的软件技术作为出资入股”，但是都要求首先必须取得软件著作权登记。

(4)作为法律重点保护的依据

    《国务院关于印发鼓励软件产业和集成电路产业发展若干政策的通知》第三十二条规定：“国务院著作权行政管理部门要规范和加强软件著作权登记制度，鼓励软件著作权登记，并依据国家法律对已经登记的软件予以重点保护。”比如：软件版权受到侵权时，对于软件著作权登记证书司法机关可不必经过审查，直接作为有力证据使用；此外也是国家著作权管理机关惩处侵犯软件版权行为的执法依据。

(5)作为申请科技成果的依据

    科学技术部关于印发《科技成果登记办法》的通知第八条规定：“办理科技成果登记应当提交《科技成果登记表》及下列材料：（一）应用技术成果：相关的评价证明（鉴定证书或者鉴定报告、科技计划项目验收报告、行业准入证明、新产品证书等）和研制报告；或者知识产权证明（专利证书、植物品种权证书、软件登记证书等）和用户证明”。这里的软件登记证书指的是软件著作权的登记证书和软件产品登记证书，其他部委也有类似规定。